Klorofil adalah pigmen hijau yang ada dalam kloroplastida. Pada umumnya klorofil terdapat pada kloroplas sel-sel mesofil daun, yaitu pada sel-sel parenkim palisade dan atau parenkim bunga karang. Dalam kloroplas, klorofil terdapat pada membrane thylakoid grana. Pada tumbuhan tingkat tinggi terdapat dua jenis klorofil yaitu klorofil-a dan klorofil-b. Pada keadaan normal, proporsi klorofil-a jauh lebih banyak daripada klorofil-b. Selain klorofil, pada membran thylakoid juga terdapat pigmen-pigmen lain, baik yang berupa turunan-turunan klorofil-a maupun pigmen lainnya (Suyitno, 2008).
Selain itu klorofil a adalah suatu senyawa kompleks antara magnesium dengan porfirin yang mengandung cincin siklopentanon (cincin V). Keempat atom nitrogennya dihubungkan secara ikatan. Koordinasi dengan ion Mg2+ membentuk senyawa kompleks planar yang mantap. Rantai sampingnya yang bersifat hidrofob adalah suatu terpenoid alkohol dan fitol yang dihubungkan secara ikatan ester dengan gugus propionat dari cincin IV. Klorofil a terdapat pada semua tumbuhan autotrof (Nurdin, 1997).
Dengan diketahuinya nilai kandungan klorofil a maka akan menjadi indikator tinggi dalam suatu perairan. Penghasil klorofil-a terbesar di laut adalah fitoplankton. Fitoplankton adalah mikroorganisme yang bertanggung jawab untuk produksi primer terbesar di laut. Ganggang yang melekat penting di perairan dangkal. Fitoplankton merupakan tanaman mikroskopis yang bebas mengambang dengan mobilitas terbatas dan didistribusikan oleh arus laut (Millero, 2006).